ด้วยพระวิสัยทัศน์ที่กว้างไกลของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ในเรื่องการบริหารจัดการ ทรัพยากรน้ำ พระองค์จึงได้ทรงพระราชทานพระราชดำริในเรื่องดังกล่าวแก่ Massachusetts Institute of Technology (สถาบัน MIT) เพื่อการวางแผนพัฒนาแหล่งน้ำร่วมกับสำนักงานคณะกรรมการพิเศษ เพื่อประสานงานโครงการ อันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) และสำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) ในการพัฒนากลไก รวบรวมข้อมูลและประสานงานระหว่างหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อจัดการกับปัญหาด้านทรัพยากรน้ำตั้งแต่ปี 2539

ในปี 2541 หน่วยปฏิบัติการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ ดำเนินงาน “โครงการระบบเครือข่ายเพื่อ การจัดการทรัพยากรน้ำแห่งประเทศไทย” ได้พัฒนาระบบสารสนเทศเชื่อมต่อและเก็บรวบรวมข้อมูลทรัพยากรน้ำลุ่มน้ำเจ้าพระยาทั้งหมดจากหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง แล้วสำเนากระจายข้อมูลกลับไปให้หน่วยงานต่างๆได้ใช้ข้อมูลร่วมกัน ประกอบการตัดสินใจการดำเนินงาน โดยมีองคมนตรี เชาวน์ ณศีลวันต์ เป็นประธานโครงการฯ และได้นำข้อมูลทรัพยากรน้ำ กราบบังคมทูลทราบฝ่าละอองธุลีพระบาทเป็นประจำต่อเนื่องทุกปี

เพื่อให้มีการดำเนินงานโครงการดังกล่าวข้างต้นมีความต่อเนื่อง สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ กรมชลประทาน และสำนักฝนหลวงและการบินเกษตร จึงได้ลงนามร่วมกัน จัดตั้ง “สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร” ภายใต้สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เมื่อวันที่ 16 มกราคม 2547 มีวัตถุประสงค์เพื่อให้เป็นสถาบันวิจัยและพัฒนาในด้านการจัดการสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตรโดยเฉพาะ โดยการนำวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมาพัฒนาการจัดการสารสนเทศด้านทรัพยากรน้ำและการเกษตร และพัฒนาระบบสนับสนุนการตัดสินใจดำเนินงาน และวางแผนงานด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำและการเกษตรของประเทศ โดยเฉพาะในเรื่องเร่งด่วน อาทิ ภัยแล้ง และน้ำท่วม ช่วยให้หน่วยงานภาครัฐสามารถใช้ข้อมูลติดตาม วางแผน และบริหารจัดการได้อย่างมีประสิทธิภาพ

สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตรได้ดำเนินการมาจนถึงวันที่ 27 ธันวาคม 2551 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ตรา “พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2551” จัดตั้ง สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร ขึ้นเป็นองค์การมหาชน โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม 125 ตอน 138 ก เมื่อวันที่ 31 ธันวาคม 2551 และมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2552 เป็นต้นไป โดยมีนายสุเมธ ตันติเวชกุล เป็นประธานกรรมบริหารสถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร (องค์การมหาชน) (หรือ สสนก.) คนแรกและดำรงตำแหน่งจนอายุครบ 70 ปี จึงได้รับแต่งตั้งให้เป็นประธานกรรมการกิตติมศักดิ์ รับผิดชอบดูแลงานด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำชุมชนตามแนวพระราชดำริมาอย่างต่อเนื่อง

ในวันที่ 25 กรกฎาคม 2554 นายสุเมธ ตันติเวชกุล ได้นำคณะกรรมการกิจการกระจายเสียง กิจการโทรทัศน์และกิจการโทรคมนาคมแห่งชาติ (กสทช.) เข้าเฝ้าทูลละอองธุลีพระบาท พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ เพื่อทูลเกล้าทูลกระหม่อมถวายเงินจำนวน 84,000,000 บาท เพื่อเฉลิม พระเกียรติ เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 7 รอบ 5 ธันวาคม 2554 และพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ได้พระราชทานเงินจำนวนดังกล่าวพร้อมดอกผลกลับมาให้เป็นทุนประเดิมสำหรับจัดตั้งมูลนิธิ เพื่อสนองพระราชดำริเกี่ยวกับการบริหารจัดการน้ำ และเพื่อให้การดำเนินงานด้านการจัดการน้ำชุมชนตามแนวพระราชดำริมีความต่อเนื่อง โดยประสานการทำงานร่วมกับ สสนก. และหน่วยงานหลักที่เกี่ยวข้องเป็นสำคัญ

วันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2555 นายสุเมธ ตันติเวชกุล ได้จัดทำคำขอจัดตั้งมูลนิธิ ภายใต้ชื่อว่า “มูลนิธิน้ำตามแนวพระราชดำริ” และในวันที่ 15 กุมภาพันธ์ 2555 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อมูลนิธิว่า “มูลนิธิอุทกพัฒน์” พร้อมตราประจำมูลนิธิฯ และพระราชทานพระมหากรุณา ให้มูลนิธิฯ อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ รวมทั้งพระราชทานเงินขวัญถุงเป็นทุนประเดิมสำหรับก่อตั้งมูลนิธิ จำนวน 84,000,000 บาท พร้อมดอกผล จำนวน 1,910,000 บาท รวมเป็นเงิน 85,910,000 บาท และเมื่อวันที่ 23 เมษายน 2555 นายทะเบียนกรุงเทพมหานคร ได้ออกใบสำคัญจดทะเบียนจัดตั้ง “มูลนิธิอุทกพัฒน์ ในพระบรมราชูปถัมภ์” เลขทะเบียนลำดับที่ กท 2182

ด้วยเหตุนี้ การดำเนินงานของมูลนิธิอุทกพัฒน์ฯ จึงไม่ใช่งานที่เริ่มทำใหม่ หากแต่เป็นงานต่อเนื่อง เพื่อสานต่อพระราชดำริด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ คืนความสุข ความอุดมสมบูรณ์ และความยั่งยืนในการมีน้ำอุปโภค บริโภค และเพื่อการเกษตร ตลอดจนบรรเทาปัญหาอุทกภัยและภัยแล้งให้แก่ประชาชนชาวไทยโดยทั่วกัน